風險投資屬于買方金融范疇，目的在于以投資收益的方式獲得高額回報，同時包含融資和投資兩個過程，但是風險投資人的角色和地位不同。風險投資包括三方利益主體：投資者、風險投資人、創業企業家，在融資和投資兩個過程中分別存在委托代理人問題。對于風險投資而言，融資是第一位的，解決風險投資人和投資者之間的信息不對稱是采取何種組織形式的決定因素。目前，在風險投資市場發展成熟的國家，主要有公司制和有限合伙制兩種形式。
    從企業組織結構形式看，公司制企業產權易于轉讓、可以永久存續、股東負有限責任，這有利于企業籌集資金，也使得投資者更易于退出，股東對管理層約束能力強。因此公司制企業有更加廣泛的社會基礎。在風險投資業內，合伙企業都是采取有限合伙制形式，其中至少有一人是一般合伙人。盡管有限合伙制創立成本低，但是由于無限責任、有限存續、產權不易轉讓等，導致合伙制企業難以湊集資金。合伙制企業更需要合伙雙方或者多方的信任基礎，否則就會一拍兩散，隨時終結企業生命。
    選擇何種企業組織形式，除了籌資的考慮，投資收益是非常重要的因素。其中稅收問題直接影響投資人的投資收益率的高低。目前，世界各國稅制比較普遍的規定是，對合伙制企業的收入按照合伙人征收個人所得稅，沒有企業所得稅。公司制企業不僅要負擔企業所得稅，股東收到股利后還需要繳納個人所得稅。公司制下的投資人稅負較重。按照法人利益角度看，公司制下的納稅并不是現在通常所稱的“雙重納稅”。而合伙制企業的納稅得到了政府從合伙制企業法人形式上對納稅的豁免，是一種稅收優惠。因此，對合伙制企業的征稅規定實質造成了同等競爭下的征稅不公平。目前，許多國家正在研究這一問題。
    公司制風險投資機構的組織形式在歐洲風險投資業早期和發展中國家比較流行，其原因如前文所述，公司制的風險投資公司相對難以解散，這有助于給予潛在投資人以信心，尤其在風險投資業剛剛起步時。在美國和英國，目前相當部分的風險資本依據《有限合伙企業法》設立，有限合伙制是美國最主要的風險投資機構組織形式。
    風險投資有限合伙制組織形式，投資項目選擇、投資過程管理，以致最終清算投資業務，幾乎全部由普通合伙人負責完成。作為風險投資基金資金來源主要提供者的有限合伙人是“有限合伙人一普通合伙人”這一委托代理關系中的委托人，他們必須關注普通合伙人的行為和決策，以維護自身的利益。通過有限合伙制企業的自身特性和合伙協議的商定，在一定程度上解決了委托代理關系中經常面臨的代理問題和監管困難問題。    比如，有限合伙制企業的有限存續期限和普通合伙人的報酬與企業業績相關等。盡管有限合伙制在有效的合伙協議和恰當的激勵機制下，能比公司制形式較好地解決委托代理關系中的利益沖突。但是由于其有限的存續生命，普通合伙人必須持續籌集新的資本，資金來源又是建立在合作雙方相互信任的基礎之上，而且需要一個高度發達的資本市場體系，包含各種不同層次的市場結構，能夠確保私人投資者的利益。因此，在資本市場體系夠發達，社會誠信體系不健全和失信成本很低，以及無限責任不能從法律上得以確保的環境下，公司制反而是風險投資機構選擇的組織機構形式。
    目前，公司制是我國風險投資機構的主要組織形式，有限責任公司占有絕對比重。由于缺少成熟風險投資管理人群體的支撐，有限合伙制中一般合伙人承擔無限責任的規定還需要建立個人財產制度和信用制度，我國風險投資機構的組織形式向有限合伙制轉變還需要一個過程。2008年，179家風險投資機構中，有限責任公司制占56.98%，但有限合伙制的風險投資機構比例從2004年的2%增加到2008年的24.58%。這種快速的轉變主要得益于合伙企業法的修訂內容對有限合伙企業的法律確認。